1980年，精通藏医理论，行医实践经验丰富，又主管藏医学院–曼巴扎仓事务的藏医博士曼然巴扎西活佛不畏当时资金、设备、设施、人员各个奇缺的困境，积极筹备，精心组织，自筹现金500元购置藏药、西药、针灸器材等部分必需品，因陋就简成立藏医门诊所，亲自主持开展医疗业务活动。

1984门诊所改名为塔尔寺藏医医疗站，扎西活佛不顾教务繁忙，亲自出任站长，治理初生的医院。扎西活佛从自己主管的曼巴扎仓抽调十余名精通藏医理论，具有一定医疗水平和制药技术的年轻医僧，加强医务人员队伍建设。当时加入的有坚赞昂旦等。在工作中，藏医高僧扎西活佛以身作则，尽职尽责，以一个佛弟子的慈悲利他之心狠抓临床疗效，服务患者，为全体医务人员树立榜样。同时，贡却坚赞和坚赞昂旦协助扎西活佛，不断强化门诊、财务、制剂等内部管理，完善各项医疗服务，提出以精湛的藏医医术、最好的疗效，只保成本的最低廉收费，为患者提供地优质的医疗服务，将医疗站走向正规道路，为医院的成长发展立下了汉马功劳。

藏医院成立以来，扎西活佛始终重视院务建设、人才培养成和扩展服务项目，以此保证藏医院健康持续的发展和有序高效的运作。院务建设以领导班子建设和内部管理制度建设为主。

随着社会的不断进步和服务领域的进一步拓展，塔尔寺藏医院一班人深知几间房子、几位僧医很难满足广大患者的需求和期望，便开始积极改善设施，更新设备，提高服务质量、水平和层次。1995年经省人民政府、塔尔寺维修领导小组决定，从塔尔寺维修费中列支200万元，省计委、省财政厅各解决25万元，将原先建在寺内的湟中县藏医院门诊、住院部、职工宿舍楼等全部搬迁出寺。次年下半年，塔尔寺藏医院正式从医明学院经堂-曼巴经堂陆续迁入新址，有了独立的行医场所，医院便先后积极募集资金180万元，维修门诊楼820平方米，新建藏医药浴住院室430平方米，浴池9个，病床15张，并在室内安装了电子控制的电热器（仅此一项投资12万元），继而维修藏药制剂车间、药库共1200平方米，职工宿舍600平方米还改装新电路、维修锅炉房等，使藏医院整体面貌有了很大变化，一座焕然一新、独具特色的藏医院占地面积12.5亩，建筑总面积3600多平方米，由三层门诊楼、药浴住院部、制剂车间、粉碎车间、库房等组成。门诊楼还有一间教室，专门用于藏医知识的教授，室内挂有多幅藏医曼唐和佛教唐卡。塔尔寺藏医院已具备一定的规模。

几年来，以扎西活佛的支持、操劳为前提，塔尔寺藏医院以人为本，充分发挥僧侣人力资源优势，以藏医独具一格的医疗手法和制剂技术，为广大农牧民群众和僧侣患者治疗施药，从社会、经济各方面取得了良好的效益。现在，该院由藏医曼然巴、医术高明的扎西活佛担任名誉院长并坐诊，救治各民族患者；由双硕士学位医僧贡却坚赞出任院长，职员近20名。在这家医院，所用藏药由僧医们自己采集、加工、炮制，疗效独特，深受患者好评。

时代在发展，社会在进步，塔尔寺藏医院顺应时代、适应社会，与2008年8月正式采用九阵医院管理系统，实现医院内部信息化管理，为医院更好、更快的发展打下坚实基础。